崇祯接下来的事情很多，首先要做的事情是祭拜孝陵，崇祯在孝陵前痛哭流涕，向明太祖请罪，再次正式下了一道罪己诏。祭拜过孝陵之后，就正式以大仪仗进入皇宫，并在奉天殿登基，不过不需要登基大典，他本来就是皇帝，只要正式宣布，京城从北京搬到南京就好了，然后正式在南京的龙椅上坐下。
之后比较头疼的是人事安排，崇祯南下，带回来的文官只有史可法、孙传庭、路振飞等寥寥几人，加上反正的钱谦益，从家中来投奔的卢象升等人之外，文官就没几个人了，内阁和六部都组不全，更不要说下面的各司了。
之前福王登基时候用的那些官员，目前头上还戴着从逆罪名，需要经过审讯和审判，确定没有从逆的才能用。
卢九德是太监，自然不能交给三司会审了，而是直接交给司礼秉笔太监、东厂厂督王承恩和陪伴了崇祯多年的司礼监掌印太监曹化淳处理。
曹化淳和王承恩经过了统一意见之后，直接令人把卢九德拖出去乱棍打死。
另外一个太监犯了罪的太监韩赞周，好容易留下了一条命，但是所有家产被抄家充公，并被赶去凤阳打扫皇陵。
对于朝中官员和勋贵的审判，交由三司会审，勋贵之首魏国公徐久爵，因为不是从逆主犯，而且是被马士英、赵之龙等人胁迫，被迫从逆，所以只是削去魏国公爵位，魏国公一族废为庶民，抄没全部家产，包括国公府、府内所有金银财宝，还有魏国公名下的田产、店铺、作坊、赌场等全部没收充公，家人也全部废为庶民，从此不再有魏国公勋爵。
伪忻城侯赵之龙和伪诚意侯刘孔昭全部削去爵位，鉴于两人已经逃走，家人全部下狱，抄没全部家产，经过三司会审，赵之龙和刘孔昭九族之内十六岁以上男丁全部问斩，十六岁以下男丁充入奴籍，流放琼州，女眷充入教坊司。
伪郑国公常延龄，削去郑国公勋爵，因为常延龄是被胁迫从逆，并无多少罪行，因此从怀远侯降为怀远伯，没收半数家产。
马士英已死，抄没家产，三族家中十六岁以上男丁问斩，十六岁以下男丁充入奴籍，流放琼州，女眷充入教坊司。
这时候有言官站出来弹劾李国栋，说他纵容手下人，私自接走犯官马士英女儿，使二女逃避惩罚。
李国栋反驳道：“李某早已奏报陛下，此二女赏给李某麾下有功之将为妾，那两员将领都是流贼出身。若是张御史觉得，把女儿给流贼出身的武夫为妾还不算惩罚的话，那御史您也可以把你的女儿给我们的有功之将为妾。”
“粗鄙武夫！厚颜无耻！”那御史被气得满脸通红，让他女儿给一名流贼出身的武将为妾，那真是败坏了士子的名声。
伪弘光朝大学生王铎，原本是崇祯朝老臣，因为被胁迫从逆，所以只是削去官职，罚没半数家产。
伪弘光朝礼部尚书姜日广，削去官职，抄没全部家产。
其余的各从逆之人，都得到了相应的惩罚，没有从逆的官员被放了出来，但还没有官复原职，而是等待朝廷安排，再授予相应的官职，可能有些人会升官，有些人降职，目前南京人手不足，需要先把六部的框架搭起来，再逐一安排。六部框架搭起来之后，下面的官员由各部尚书和侍郎来推荐。
三司会审结束之后，该杀的杀，该流放的流放，该撤职的撤职，几千颗人头落地，福王马士英谋逆案总算宣告结束。
在张书恒调查朱由枢、马士英谋逆案期间，南京和南京周围不少士绅也被锦衣卫抄了家，借口都是从逆。这其中大部分人是无辜的，经过三司会审之后释放，但是他们已经被锦衣卫刮走了大量银子。
接下来就是对内阁的任命，史可法被任命为兵部尚书、东阁大学士，内阁首辅钱谦益被任命为武英殿大学士，吏部尚书，内阁次辅卢象升被任命为左都御史，文渊殿大学士，内阁次辅。这样内阁就组建起来了。接下来是六部，张慎言为礼部尚书，从监狱里释放出来的何应瑞官复原职，担任工部尚书，李国栋推荐了孙元化的长子孙和鼎为工部左侍郎，宋应星为工部右侍郎，孙和鼎和宋应星都是实干的科学家，任命他们为工部左右侍郎有利于大明科技的提升。
虽然李国栋推荐了两个只有举人功名的人担任侍郎，遭到很多官员反对，但是崇祯顶着压力给准了，内阁的钱谦益和路振飞也通过了。
路振飞担任户部尚书，立下大功的方以智和张煌言都以举人身份担任了兵部左右侍郎。
高宏图被从监狱释放之后，撤销原吏部尚书一职，降级为光禄寺卿，
李国栋考虑到孙传庭的铁面无私，推荐他为刑部尚书。
户部尚书职务，由吕大器担任。
刘宗周从监狱释放之后，为太常寺卿，杨廷麟为大理寺卿，还有其他从监狱放出来的无罪官员，也给了相应的职务。
最后李国栋站出来：“陛下，既然史阁老已经升为内阁首辅，还请陛下撤去史阁老两淮督师一职，臣愿当然两淮督师，驻守扬州、淮安，替朝廷阻拦建奴大军！”
“岂有此理！”内阁首辅史可法气得脸色大变，“尔乃武将，岂可担任督师？督师只能是文官！”
“史阁老，李某堂堂一国公，难道就没有资格担任督师？”李国栋反驳道。
“楚国公，你手握重兵，岂可担任督师？这不合祖制！”史可法坚决不同意。
这时候，钱谦益站了出来：“陛下，请封楚国公为大将军，任大将军者，可为督师。”
大将军虽然也是武职，可是地位就高过文官了。之前封的公侯伯之类的勋爵，只是荣誉的象征，并无实权。虽然勋贵地位不输给文官，但文官看不起勋贵。但是大将军是实打实的实权，甚至可先斩后奏四品以下文官！
“无耻之徒！”
“没想到牧斋公竟然如此无耻！”
“就是啊，看到楚国公得宠，居然像条狗一样巴结！没想到啊没想到，牧斋公为东林领袖，却是这样一个人！”
文官们议论纷纷。
群臣纷纷反对，马上就有御史站出来，先是弹劾钱谦益，然后请陛下万万不可封李国栋为大将军。
钱谦益道：“可以不封楚国公为大将军，但是试问衮衮诸公，又有谁能驻守两淮，挡住建奴和流寇南下？”
“史某愿去扬州阻敌！”史可法道。
“史阁老，你还是内阁首辅，岂能离开京城？”钱谦益冷笑道。
“若是建奴入侵，史某这个内阁首辅宁可不当了！”史可法义正辞严的说道。
李国栋笑道：“史阁老，您还是别去扬州了，您若是去了扬州，不仅您要白白送了一条性命，反而要害死扬州八十万百姓！对付建奴，李某比你在行。”
史可法气得脸色通红，脖子粗胀：“楚国公，你为何就这样肯定史某守不住扬州？”
你当然守不住了，史阁老，打仗你是庸才，扬州十日，也有你的责任。李国栋心里暗道，但是他嘴巴上却不能这样说，而是反问道：“史阁老，若是建奴以八十万大军，携数百红夷大炮来攻扬州，你要如何守城？”
“一派胡言！建奴哪里来的八十万大军？”史可法冷哼一声。
“怎么没有？北方官军和贼军纷纷投了建奴，建奴现在不止一个八旗了，还新建了绿营，收编了各路降将，目前建奴绿营已经有三十多万人马了，若是再收编了更多降将降兵，兵力达到八十万还不是轻而易举？”
八十万这个数字，确实吓倒了很多人，就连史可法都吓了一大跳。但他还是很坚定很自信的回道：“只要史某坚守不出，不要说八十万，建奴来一百万也休想攻克扬州！”